Microbiote : le monde mystérieux des enzymes, des bactéries et des levures

« Il reste encore très difficile de caractériser un microbiote : les micro-organismes qui vivent dans ce milieu très particulier sont difficiles à cultiver car ils sont interdépendants : si on en enlève un, c’est tout l’équilibre qui s’effondre. » Spécialiste des biotechnologies, Rémi Chausse, responsable des projets scientifiques, ARC , sera notre invité le mardi 12 décembre à 13 h 45 pour notre session ELO Santé Nutrition.

Il nous expliquera comment on identifie les micro-organismes du microbiote : grâce à des biopsies ou des prélèvements après autopsie qui sont analysées par des techniques de génomiques moléculaires qui réalisent des séquences de génomes par métabarcoding.

Le portrait robot du microbiote

Il nous commentera cette information étonnante : «  Il y a plus de différences dans le microbiote d’un même porcelet selon l’endroit où le prélèvement est effectué dans l’organisme que entre des microbiotes de porcelets chinois ou danois ! » Dans les grands équilibres, il existe donc un portrait robot d’un microbiote de porcelet.

Le tube digestif héberge tout une série de niches écologiques aux caractéristiques très diverses : les populations de micro-organismes qui le peuplent seront très différentes selon que le microbiote vit dans le duodénum, l’iléum, le caecum, le colon proximal voire le mucus du colon proximal ou le rectum : «  Et encore, nous nous limitons à décrire ces populations au niveau de leur phylum ou de leur genre, c’est à dire leur grande catégorie. Le monde des micro-organismes est d’une diversité dont on ne connaît pas encore les limites ! », souligne Rémi Chausse.

Échanges et services rendus

«  Le microbiote est un forum d’échanges et de services rendus », conclut-il.

C’est ainsi que le porcelet dépourvu d’enzymes de type cellulase devient, grâce à ses enzymes bactériennes et fongiques, capable de dégrader une partie de la fraction cellulosique de la ligno-cellulose et d’en tirer des composés qui sont ensuite absorbés par l’intestin et deviennent source d’énergie pour l’organisme.